La mayor parte de los fondos de la biblioteca monástica de Silos se dispersó durante la exclaustración de 1835-1880. Únicamente quedó un reducido número de volúmenes en las estanterías de las estancias ocupadas por la cura párroco.
La antigua biblioteca se hallaba ubicada, desde el siglo XVII al XIX, en las plasta primera y segunda de la crujía extrema este. En los años siguientes a la restauración de 1880 se colocaron los libros en el área de la antigua botica o planta baja de la crujía oeste. Posteriormente se trasladó al lugar actual, la plata alta de la crujía oeste del monasterio actual. Poco a poco ha ido ocupando zonas vecinas, hasta la crujía norte del monasterio actual, en tres niveles, a medida que ha ido aumentando el número de libros.
La biblioteca actual, formada lentamente desde 1880, cuenta en la actualidad con cerca 190000 volúmenes.