Cuando Cataluña se alzó contra Felipe IV en 1640, los monjes castellanos que habitaban Montserrat, dejaron su monasterio, y se trasladaron a Madrid. Aquí recomenzaron su vida monástica en una nueva casa que bautizaron con el nombre de su monasterio de procedencia. El nuevo Montserrat madrileño, convertido en abadía, se incorporó a la Congregación de Valladolid, que entonces agrupaba a buena parte de los monasterios españoles. Su existencia durante el resto del siglo XVII y XVIII, no tuvo grandes sobresaltos. Tampoco tuvo, es cierto, un extraordinario brillo, como por lo demós ocurría con la vida monástica de aquella época, y en general, con la mayor parte de las instituciones católicas en la etapa de la Ilustración, si dejamos aparte a personas y organizaciones que vivían sus compromisos con alegría y generoso entusiasmo.
Siglo XIX. Tiempos revueltos
Abandonado por los benedictinos en 1823 y 1835, el monasterio fue cárcel de mujeres, hogar de monjas concepcionistas de 1854 a 1868, y de nuevo, cárcel de mujeres hasta bien entrado el siglo XX.
Siglo XX. El monasterio vuelve a los monjes
La historia del Montserrat de Madrid sufre un cambio cuando el Estado lo declara Monumento Nacional en 1914. Se plantea entonces la conveniencia de una comunidad que lo ocupe y lo cuide, y por ello comienza su lento retorno a los monjes, en este caso, de la abadía Santo Domingo de Silos: 1918, se cede a éstos del usufructo de la iglesia, al que sigue la entrega del ala norte del edificio en 1922, y del ala sur en 1927. La concesión de todo el conjunto tuvo lugar en 1935, aunque la Guerra Civil y la reorganización de la postguerra no permitieron la ocupación definitiva hasta 1953.
Ya a finales del siglo XX se hicieron importantes obras de mejora en el edificio monástico, junto con una labor de restauración en la iglesia tan y como se puede ver en la actualidad.